1、主题目标
　　全面掌握流域污染源和社会经济发展情况，及其与湖泊水质变化、富营养化之间的响应关系，初步提出解决我国湖泊水污染和富营养化治理的基本理论体系框架，研发不同类型湖泊水污染治理和富营养化控制自主创新的关键技术，形成湖泊水污染和富营养化控制的总体方案。攻克一批具有全局性、带动性的水污染防治与富营养化控制关键技术；选择太湖流域作为综合示范区，其他不同类型典型湖泊和水库作为本专项技术示范区，有效控制示范湖泊、水库的富营养化，实现研究示范区水质显著改善，同时形成符合国情的湖泊流域综合管理体系，为我国湖泊水污染防治与富营养化全面控制、水环境状况的根本好转奠定技术基础。 到2020年，为确保湖泊流域污染物排放总量得到有效削减、水环境质量得到明显改善、饮用水安全得到有效保障提供成套技术与成功经验。
　　
　　2、主要研究内容

　　我国湖泊富营养化及流域水污染问题十分突出，严重影响湖区人民的生产生活与饮用水安全，极大地制约了区域社会经济的可持续发展。考虑我国湖泊类型众多，且位于不同地理区域并处于经济发展不同阶段，处在不同的富营养化发展过程并具有各自生态特征的特点，选择富营养化类型、营养水平、湖泊规模、形成机理和所处地区不同的典型湖泊，开展综合诊断，制定与湖泊营养水平、类型、阶段和地区经济水平相适应的富营养化湖泊综合整治方案，选择具有典型性和代表性的湖泊水域及流域重点集水区开展工程示范。逐步实现由湖泊及其集水区的重点控源与局部湖区水质改善向湖泊整体水环境质量明显改善转变的国家水专项的战略目标。为我国当前与今后大规模开展不同类型湖泊富富营养化治理提供成套技术与管理经验。
　　
　　3、研究示范区的选择
　　按照国家确定的水污染防治重点流域，选择太湖流域开展湖泊流域水污染控制与湖泊富营养化治理综合示范。　
　　选择云贵高原湖区的湖泊-滇池，发展中地区大型湖泊-巢湖，开展重污染湖泊的研究、治理与工程示范。
　　选择大型水库-三峡水库，开展水污染与水华控制技术示范。 　　
　　我国是一个多湖泊国家，富营养化类型多，营养水平差异大，选择湖泊水污染与富营养化共性关键技术开展研究与示范。