1、主题目标
　　针对我国河流水污染严峻的现状，选择不同地域、类型、污染成因和经济发展阶段分异特征的典型河流，创立符合不同水质目标和功能目标的河流管理支撑技术体系，制定与我国不同区域经济水平和基本水质需求相适应的污染河流（段）水污染综合整治方案；重点突破一批清洁生产、水循环利用和点、面源污染负荷削减关键技术及集成技术，污染河流（段）治理与生态修复的集成技术，以及河流污染预防、控制、治理与修复的技术系统；选择具有典型性和代表性的河流开展工程示范。 到2020年，通过分阶段、分重点实施，实现由河流水质功能达标向河流生态系统完整性过渡的国家河流污染防治战略目标。
　　
　　2、主要研究内容
　　针对我国主要流域水系经济发展的阶段性特点，以影响我国河流水功能与水生态系统健康的主要污染物耗氧有机物、氮磷营养物、重金属、有机有毒污染物为控制与治理目标，选择不同污染程度、不同污染源类型、不同主要污染物种类、不同水体功能和河流生态功能各不相同的河流水系或典型河流河段，综合分析河流点、面污染负荷，河流水质演变过程，水体功能和水生态系统退化的特征；建立围绕水质功能和水生态保护目标的河流水质综合管理技术体系；开发重点行业和不同类型农业面源污染物削减关键技术；研发河流污染治理、生态修复和生物多样性保育的工程技术系统；通过技术集成和综合示范，达到大幅度削减入河污染物负荷、显著改善河流水质、初步恢复水生态系统功能结构的目标；总结形成不同经济发展阶段下我国不同地域河流污染防治和综合治理的技术体系。
　　
　　3、研究示范区的选择
　　选择松花江作为高风险污染源较多、跨国界、跨省界污染的河流水污染防治技术示范区；
　　选择辽河流域作为工业密集、污染负荷高的河流水污染防治的技术示范区；
　　选择海河流域作为水量紧缺、水源补给复杂、水环境严重恶化的河流、草型湖泊水污染综合治理技术示范区;

　  选择淮河作为闸坝控制、水污染事件多发、防洪防污矛盾突出的河流污染控制示范区和南水被调东线输水湖泊生态保育示范区。
　　形成在不同发展阶段条件下我国不同地域河流污染防治和综合治理的技术体系，为我国河流水污染控制与管理提供技术支撑。