1、主题目标
　　针对我国流域水环境问题，通过实施"流域水污染防治监控预警技术与综合示范"研究，促进流域水污染防治监控的理念创新、技术创新和管理创新，以流域水质保障与水生态安全为目标，以强化流域水质系统管理、形成监控、预警能力为重点，开展流域水生态功能区划、流域水质目标管理、水环境监测、水环境风险评估、水环境预警和流域水污染防治综合决策等技术研究，构建适合我国水污染特征的流域水污染防治综合管理体系，建立水污染控制技术评估系统和评估技术平台，支撑流域水环境管理和决策，从而保障国家环境与经济、社会的协调可持续发展。 到2020年，实现面向水生态系统安全保障的流域水环境管理模式和管理体制的转变。形成基于流域水生态功能分区水污染控制、水环境监测、水环境质量预警、水环境监察与监管的水质目标管理成套技术方法与规范。
　　
　　2、主要研究内容
　　针对当前我国水环境管理技术体系不健全的紧迫问题，结合国家污染物总量控制预监控需要的"三大体系"建设的技术需求，系统地开展流域水生态功能区划理论与方法研究，建立水生态功能区划分指标体系，建立全国水生态功能分区技术框架，完成重点流域水生态功能一级、二级区划，完成示范流域三级区划和污染控制单元划定方案。建立具有分区差异性的水质基准与标准制订技术框架，结合示范流域水环境质量管理目标，制定特征污染物的基准与标准。通过对流域水生态功能分区、水质目标管理、水环境监控预警和水污染治理综合决策等技术综合集成，构建我国流域水环境管理技术体系，到2020年，在全国7大流域形成确保水生态系统安全的流域水环境监控管理模式。
　　
　　3、研究示范区的选择
　　按照国家确定的水污染防治重点流域，选择太湖、滇池、巢湖、辽河、淮河、海河、松花江、三峡库区流域等选择开展综合示范。